Ulga mieszkaniowa a działalność w zakresie obrotu nieruchomościami

Dzień dobry,w 2015 i 2016 kupiliśmy z mężem mieszkania na sprzedaż. Niestety nie złożyliśmy PIT 39 i teraz sobie o nas przypomniał US. Zdaje sobie sprawę że to nasza wina ale musimy jakoś najmniej boleśnie wyjaśnić tą sytuację.
Mieszkania które kupiliśmy-sprzedaliśmy:1.2.3.4.
Mieszkania przy ul XXXX i XXXX zostały rozliczone  w 2016 r w ramach prowadzonej przeze mnie jednoosobowej działalności gospodarczej. Czy do nich też powinniśmy złożyć PIT 39? 
Pytania odnośnie mieszkań sprzedanych w 2015r - XXXX i XXXX:-czy sprawa nie jest przedawniona - od kiedy liczy się te 5 lat?-czy PIT 39 składa jedna osoba czy każdy osobno - mieszkania kupowaliśmy i sprzedawaliśmy jako małżeństwo- czy mogę załączyć jako koszty faktury za remont jeśli wystawione są na firmę (jednoosobowa działalność gospodarcza) a sprzedaż mieszkania nie była rozliczona w działalności czy lepiej nie żeby nie narobić sobie innych kłopotów-czy możemy skorzystać ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 21 ust 1 pkt 131 - jeśli mieszkania które kupiliśmy w 2016 roku zostały rozliczone w działalności gosp.? czy to się tyczy tylko własnych celów mieszkaniowych?-czy ma Pan jakieś sugestie co zrobić żeby trochę złagodzić sprawę?
Bardzo proszę o pomoc bo zupełnie nie wiem jak do tego podejść.Z poważaniem