Faktury na rzecz NFZ generowane w następnych latach podatkowych

Firma prowadząca przychodnię medyczną NZOZ, rozlicza się z NFZ za pomocą elektronicznego systemu informatycznego. Firma nie ma możliwości decyzji kiedy, jaki dokument, za jaki okres będzie generowany z systemu. Przypadek jaki mamy dziś to; z systemu wygenerowano fakturę (nie korygującą) sprzedaży za świadczenia wykonane w 2012 r. (data wystawienia bieżąca). Zgodnie z informacją z NFZ mają 5 lat na sprawdzenie ilości wykonanych usług i przez cały ten okres mogą się generować faktury przychodowe za lata cześniejsze.

Proszę o informację jak powinno się rozliczyć daną fakturę, ponieważ w 2012 r firma nie była płatnikiem VAT, a zgodnie z obecnymi przepisami momentem podatkowym jest moment dokonania towarów lub wykonania usług - w tym przypadku 2012 r. Czy postąpimy prawidłowo rozliczając fakturę do podatku VAT w miesiącu wystawienia faktury tj.31.07.2015 r., a jeśli chodzi o podatek dochodowy to w roku w którym zostały wykonane dane świadczenia tj.2012.

Firma jednoosobowa, książka przychodów rozchodów + VAT.