Zasady fakturowania w systemie komputerowym

Pracuję nad systemem księgowym, gdzie moi użytkownicy chcieliby mieć opcję wystawiania faktur zarówno wpisując w odpowiednią pozycję kwotę brutto, (bo na przykład ustalili taką kwotę ze swoim zleceniodawcą), ale również często zdarza się, że muszą wystawić fakturę od kwoty netto. Chciałabym wiedzieć, czy obydwa warianty są dopuszczalne.
1) Prawidłowy sposób wyliczania wartości pozycji na fakturze VAT
Wyczytałam w Internecie, że są dwa podejścia:
a) wyliczanie pozycji na fakturze od kwoty netto, czyli standardowe liczenie po kolei wszystkich pozycji wychodząc od początkowej kwoty netto:
netto + (netto * stawka VAT) = brutto
b) wyliczanie wartości faktury od kwoty brutto - czyli tak jakby od tyłu, gdzie kwota netto i VAT wyliczane są od kwoty brutto. Stosuje się tą metodę, kiedy ważne jest zachowanie stałej lub ustalonej kwoty brutto na fakturze np. 85zł.
2) Prawidłowy sposób sumowania wartości na fakturach.
W załączniku nr 1 znajdzie Pan schemat który objaśni moje pytanie. Generalnie chciałabym wiedzieć w jaki sposób powinno się wyliczać tak zwaną pozycję "Razem" na fakturze z wieloma pozycjami (literka D na schemacie). Spotkałam się z dwoma rozwiązaniami:
a) kwotę razem netto (A) liczymy przez sumowanie kwot netto z pozycji. Kwotę razem VAT (C) liczymy przez sumowanie kwot VAT z pozycji. Kwotę razem brutto (D) liczymy przez sumowanie kwot brutto z pozycji (D = 123zł + 123zł)
b) kwotę razem netto (A) liczymy przez sumowanie kwot netto z pozycji. Kwotę razem VAT (C) liczymy poprzez ponowne przemnożenie kwoty razem netto (A) przez stawkę VAT (C = A * stawka VAT). Kwotę razem brutto (D) liczymy poprzez zsumowanie kwoty razem netto (A) oraz kwoty razem VAT (C) czyli D = A + C
Chciałabym wiedzieć czy obydwa te sposoby są dopuszczalne.
3) Co robić z rozbieżnościami groszowymi na fakturach w zależności od wybranego sposobu liczenia punktu 1 oraz punktu 2 powyżej. Proszę popatrzeć na załącznik nr 2. Przedstawiam tu rozbieżności powstałe na skutek liczenia wartości "Razem brutto" różnymi sposobami. Jak widać podsumowanie policzone sposobem 1 daje kwotę brutto 850zł a podsumowanie policzone sposobem 2 daje kwotę brutto 850.05zł. Co robić z tymi rozbieżnościami? Jak się do nich odnosi Urząd Skarbowy? Moje pytanie wynika z tego, że na pierwszy rzut oka wydaje się, że sposób nr 1 czyli sumowanie wartości brutto, daje prawidłowy wynik, ale niektórzy księgowi robiąc sprawdzenie wartości w podsumowaniu faktury sposobem 2 słusznie zauważają, że 23% podatku VAT od kwoty netto 691.10zł wynosi 158.95zł a nie 158.90zł. Zdarzało mi się, że księgowi mogą nawet odrzucić taką fakturę, która ma takie nieścisłości.